فرزندان امام باقر عليه السلام هفت نفر بودند كه از دو دختر و پنج پسر تشكيل مي شدند:

1- امام صادق

2- عبدالله بن محمد «الاكبر»

3- ابراهيم بن محمد

4- عبدالله بن محمد «الاصغر»

5- علي بن محمد

و دخترانش:

1- زينب بنت محمد

2- ام سلمه بنت محمد

ولي به طوري كه علماي انساب تحقيق كرده اند نسل امام محمد باقر فقط به امام جعفر صادق انحصار دارد مثل اين كه فرزندان ديگر امام عقيم بودند و با خانواده شان انقراض يافته بود.