مادر آن حضرت، فاطمه دختر حسن بن علي بود كه با كنيه ي ام عبدالله و بنابر قول ديگر، ام الحسن خوانده شده است. بنابراين امام باقر (ع) از سلاله ي پدر و مادري هاشمي علوي و فاطمي به شمار مي آيد. بدين جهت او نخستين كسي است كه از نسل امام حسن (ع) و امام حسين (ع) به دنيا آمده است.