1. كتاب التفسير ابن نديم به هنگام ذكر كتابهايي كه در تفسير به نگارش درآمده مي نويسد: كتاب الباقر محمد بن علي بن حسين (ع) اين كتاب را ابوالجارود زياد بن منذر، رئيس فرقه ي جاروديه يكي از فرق زيديه از آن حضرت روايت كرده است. اين كتاب را ابوبصير يحيي بن قاسم (يا ابوالقاسم) اسدي به هنگامي كه هنوز ابوالجارود سلامت حال خود را از كف نداده بود، از وي روايت كرد. همچنين علي بن ابراهيم بن هاشم اين كتاب را در تفسير خود نقل كرده است.

2. نامه ي آن حضرت به سعد الخير از بني اميه.

3. نامه ي ديگري از آن حضرت به سعد الخير. اين دو نامه را شيخ كليني در روضه ي كافي نقل كرده است.

4. ابن نديم گويد: «ابوجعفر محمد بن علي داراي تأليفاتي است و يكي از آنها كتاب الهداية است». شايد مقصود ابن نديم امام باقر (ع) بوده باشد.

از آن حضرت در شاخه هاي گوناگون علمي روايات فراواني نقل شده است و اصحاب آن حضرت تأليفات بسياري در اين باره نگاشته اند كه در شرح زندگاني آنان مذكور است.