از ديـگـر مـبـاحـث اعتقادي كه امام باقر به شرح و تبيين آن پرداخت مساءله امامت بود. در بيانات فـراوانـي بـا شـمـردن فـضـايـل امـام و افـضـليـت امـام بـر ديـگـران ، ادعـاي امـامـت آنـان را بـاطـل شـمـرد و جـواز تـقـدم مـفـضـول بـر فـاضـل و افـضـل را باطل ساخت . امام با يادآوري امامت حضرت ابراهيم ، علّو مقام امامت را آشكار كرد و فرمود:

(خـداونـد ابـراهـيـم را قـبـل از نـبـوت بـه عـنـوان عـبـد بـرگـزيـد و قـبـل از رسـالت او را بـه عـنـوان نـبـي بـرگـزيـد و قـبـل از خـُلَّت و دوسـتـي او را بـه عـنـوان رسـول بـرگـزيـد و قـبـل از امامت او را به عنوان خليل برگزيد، پس آن گاه كه همه اين چيزها را براي او جمع نمود بـه او فـرمـود: اي ابـراهـيـم تو را امام مردم قرار دادم و چون اين مقام در چشم ابرهيم بزرگ آمد، فـرمـود: پـروردگـارا آيـا ايـن مـقـام شـامـل ذريـه مـن نـيـز مـي شـود؟ و خـداونـد فـرمـود: عـهد من شامل ظالمان نمي شود)..(299)

در فلسفه وجود امام فرمود: تا عالم بر صلاح خود باقي بماند زيرا خداوند تا زماني كه امام يا پيامبر در بين مردم باشد، عذاب را از آنان دفع مي كند..(300)

و بـيـانـات فـراوان ديـگـري در لزوم مـعـرفت امام ، وجوب اطاعت از امام ، حق امام بر مردم ، تعداد امامان از آن بزرگوار بدست ما رسيده است ..(301)