در دوران امامت حضرت باقر (عليه السلام) فرقه هاي مذهبي و گروههاي سياسي و مذهبي متعددي مانند: معتزله، خوارج و مرجئه فعاليت داشتند و امام باقر (عليه السلام) همچون سدي استوار در برابر نفوذ عقائد باطل آنان ايستادگي مي نمود و طي مناظراتي كه با سران اين گروهها داشت، پايگاههاي فكري و عقيدتي آنان را در هم مي كوبيد و بي پايگي عقائدشان را با دلائلي روشن ثابت مي كرد. در اينجا به عنوان نمونه گفتگوي آن حضرت را با «نافع بن ازرق»،يكي از سران خوارج، از نظر خوانندگان مي گذرانيم:

روزي «نافع» به حضور امام رسيد و مسائلي از حرام و حلال پرسيد. امام به سوالات وي پاسخ داد و ضمن گفتگو فرمود:

به اين مارقين (از دين خارج شدگان) بگو: چرا جدايي از اميرمومنان (عليه السلام) را حلال شمرديد، در صورتي كه قبلاً خون خويش را در كنار او و در راه اطاعت از او نثار مي كرديد و ياري او را موجب نزديكي به خدا مي دانستيد؟!

امام افزود: آنان خواهند گفت كه او را در دين خدا حكم قرار داد. به آنان بگو: خداوند در شريعت پيامبر خود در دو مورد دو نفر را حكم قرار داده است؛ يكي در مورد اختلاف ميان زن و شوهر است كه مي فرمايد:

«و اگر از جدايي و شكاف ميان آن ها بيم داشته باشيد، داوري از خانواده شوهر و داوري از خانواده زن انتخاب كنيد (تا به كار آنان رسيدگي كنند) اگر اين دو داور تصميم به اصلاح داشته باشند،خداوند كمك به توافق آنها مي كند (زيرا) خداوند دانا و آگاه است». [1] .

ديگري داوري «سعد بن معاذ» است كه پيامبر اسلام او را ميان خود و قبيله يهودي «بني قريظه» حكم قرار داد، و او هم طبق حكم خدا نظر داد. آنگاه امام افزود: آيا نمي دانيد كه اميرمومنان حكميت را به اين شرط پذيرفت كه دو داور بر اساس حكم قرآن داوري كنند و از حدود قرآن تجاوز نكنند و شرط كرد كه اگر بر خلاف قرآن راي بدهند، مردود خواهد بود؟ وقتي كه به اميرمومنان گفتند: داوري كه خود تعيين كردي بر ضرر تو نظر داد، فرمود: من او را داور قرار ندادم، بلكه كتاب خدا را داور قرار دادم. پس چگونه مارقين حكميت قرآن و مردود بودن خلاف قرآن را گمراهي مي شمارند، اما بدعت و بهتان خود را گمراهي به حساب نمي آورند؟!

«نافع بن ازرق» با شنيدن اين بيانات گفت: به خدا سوگند اين سخنان را نه شنيده بودم و نه به ذهنم خطور كرده بود، حق همين است ان شأ الله! [2] .