آن گونه كه از تاريخچه ي تأسيس علم اصول برمي آيد، تأسيس اين علم و گردآوري قواعد آن در زمان امام باقر (عليه السلام) صورت گرفته است. اگر چه اميرالمؤمنين علي (عليه السلام) برخي از قواعد اجتهاد را بيان كرده بودند، اما دوران امامت امام باقر (عليه السلام) نقطه عطفي براي استفاده ي دانشمندان راستين اسلامي از محضر معادن علم الهي و چشمه هاي جوشان دانش و بينش وحياني بود تا در اين عرصه به كسب دانش و معرفت بپردازند.

از جمله ي اين تلاش هاي گسترده ي امام در اين عصر، تبيين شيوه هاي صحيح استنباط حكم شرعي از منابع ديني بود كه بيش از پيش به اعتلا و توانمندي فقه شيعه غنا و اعتلا بخشيد. امام باقر(عليه السلام) خود، اجتهاد را بين دانشمندان اسلامي نهادينه ساخت، و با تدوين قواعد علم اصول و آموزش آن به شاگردان مكتب خويش، گام مهم و كارسازي در عرصه ي پيشبرد اهداف بلند اجتهاد برداشت؛ به گونه اي كه امروز شيعه مي تواند با سربلندي اذعان دارد كه ميراث دار دانش پيامبر اكرم (صلي الله عليه و آله) و جانشينان او در بهره گيري از منابع ديني در قالب اجتهاد و استنباط حكم شرعي مي باشد.

مرحوم صدر در اين باره مي نويسد:

«به واقع، اولين كسي كه دروازه ي علم اصول [و اجتهاد در احكام] را گشود و به تبيين و ترفيع قواعد آن پرداخت، امام ابوجعفر محمدبن علي الباقر (عليه السلام) و پس از او فرزند برومندش ابوعبدالله الصادق (عليه السلام) است. اين دو بزرگوار با آموزش قواعد آن به بسياري از شاگردان خود و آنان نيز با جمع آوري و نگاشتن آن مسائل و قواعد گام بزرگي در فقه و اصول شيعه برداشتند كه از آن جمع مي توان كتاب «اصول آل الرسول»، «الفصول المهمة في اصول الائمة»، «اصول الاصلية» را نام برد كه همگي آن ها بنا بر استناد روايت كنندگان راستگو به اهل البيت (عليهم السلام) نسبت داده شده است.» [1] .

علامه «سيد محسن امين» مي نويسد: مسلماً بيشترين قواعد اصولي كه از امامان معصوم (عليهم السلام) روايت شده، از امام باقر (عليه السلام) تا امام حسن عسكري (عليه السلام) مي باشد. [2] .