آن گونه كه از تاريخچه ي تأسيس علم اصول برمي آيد، تأسيس اين علم و گردآوري قواعد آن در زمان امام باقر عليه السلام صورت گرفته است. اگر چه اميرالمؤمنين عليه السلام برخي از قواعد اجتهاد را بيان كرده بودند، اما دوران امامت امام باقر عليه السلام نقطه عطفي براي استفاده ي دانشمندان راستين اسلامي از محضر معادن علم الهي و چشمه هاي جوشان دانش و بينش وحياني بود تا در اين عرصه به كسب دانش و معرفت بپردازند. پيش از دوران امامت امام باقر عليه السلام اوضاع خفقان بار جامعه هرگز به پيشوايان معصوم عليهم السلام اجازه نمي داد كه با آسودگي خاطر به پرورش استعدادهاي نهفته در جامعه ي اسلامي بپردازند.

تزلزل در حكومت اموي در دوران امام باقر عليه السلام و ناتواني حاكمان در پياده كردن سياستهاي تجربه شده ي بني اميه مبني بر اعمال فشار بر شيعيان، موجب ايجاد بستر مناسب فرهنگي در اين عصر گرديد. اتخاذ سياستهاي دوگانه و كشمكشهاي تمام نشدني بر سر قدرت توسط حاكمان از يك سو، و ژرف نگري امام باقر عليه السلام از سوي ديگر، زمينه ي رشد و تعالي و بارورسازي ارزشها را در بين مسلمانان پايه ريزي كرد و تلاشهاي بي پايان امام در اين راستا، تشنگان زلال معرفت و انديشه را بر آن داشت كه با جاري كوثر امام باقر عليه السلام، همراه شوند و هر چه بيشتر در معرض تعاليم انسان ساز آن امام همام قرار گيرند. اين روند رشد، آن گونه در دانشمندان مختلف علوم ديني در زمينه هاي تفسير، حديث، كلام، فقه، اصول و... نهادينه شد كه امروز كمتر كتابي از متون ديني اسلامي، خالي از كلمات تابناك آن حضرت مي باشد.

از جمله تلاشهاي گسترده ي امام در اين عرصه تبيين شيوه هاي صحيح استنباط حكم شرعي از منابع ديني بود كه بيش از پيش به اعتلا و توانمندي فقه شيعه غنا بخشيد. امام باقر عليه السلام شخصا بر اين امر مبادرت ورزيد و با تدوين قواعد علم اصول و آموزش آن به شاگردان مكتب خويش، گام مهم و كارسازي در پيش برد اهداف بلند اجتهاد برداشت؛ به گونه اي كه امروز شيعه مي تواند با سربلندي اذعان دارد كه ميراث دار دانش پيامبر اكرم صلي الله عليه و آله و جانشينان او عليهم السلام در بهره گيري از منابع ديني در قالب اجتهاد و استنباط حكم شرعي مي باشد.

مرحوم صدر در اين باره مي نويسد:

«به واقع، اولين كسي كه دروازه ي علم اصول [و اجتهاد در احكام] را گشود و به تبيين و ترفيع قواعد آن پرداخت، امام ابوجعفر محمد بن علي الباقر عليه السلام و پس از او، فرزند برومندش، ابوعبدالله الصادق عليه السلام است. اين دو بزرگوار با آموزش قواعد آن به بسياري از شاگردان خود، و آنان نيز با جمع آوري و نگاشتن آن مسائل و قواعد، گام بزرگي در فقه و اصول شيعه برداشتند. [1] .

علامه سيد محسن امين مي نويسد: «مسلما بيشترين قواعد اصولي كه از امامان معصوم عليهم السلام روايت شده، از امام باقر عليه السلام تا امام حسن عسكري عليه السلام مي باشد. سيوطي در [كتاب خود] «اوائل» بر اين باور است كه نخستين كسي كه علم اصول را تصنيف كرد، امام شافعي بوده است. در پاسخ او مي گوييم: نخستين كسي كه پيش از شافعي علم اصول را گشود و مسائل آن را بيان كرد، امام محمد بن علي الباقر عليه السلام و فرزند [بزرگوار] ايشان جعفر الصادق عليه السلام است كه براي اصحاب خويش مسائل مهم آن را تبيين نمودند... اولين كسي كه در علم اصول سخن رانده و هشت قاعده در زمينه ي علوم قرآني را بازگو كرده، حضرت اميرالمؤمنين علي عليه السلام است؛ همو بود كه بيان كرد در قرآن ناسخ و منسوخ، محكم و متشابه، و عام و خاص وجود دارد. به گونه اي كه اين قاعده ها بيشتر مباحث اصولي فقه را در بر دارد؛ اما امام باقر عليه السلام و امام صادق عليه السلام پس از اميرالمؤمنين عليه السلام نخستين كساني هستند كه پيش از امام شافعي، مباني گسترده ي علم اصول را تبيين نمودند و مسائل آن را براي [شاگردان و] ياران خود بيان فرمودند». [2] .