در دوره امامت پيشواي پنجم با توجه به مطالبي كه توضيح داده شد زمزمه هاي نارضايتي از خلفاء آغاز گرديد و قيام هايي در گوشه و كنار سرزمين پهناور اسلامي صورت گرفت. هر چند بسياري از اين قيام ها ناكام ماند اما خلفاء اموي را به خود مشغول ساخت و شرائط مساعدتري براي ائمه عليهم السلام فراهم آمد تا به احياي سنت فراموش شده نبوي بپردازند.

امام باقر عليه السلام با فراغت كامل دانشگاه دين را گشود و زندگي را كاملا به تعليم و تربيت آميخته و در تمام شؤون زندگي در مدت بيست سال، لحظه اي فراغت نداشت و شب و روز در حضر و سفر، در هر حال كه بود، علم و دانش را آموزش مي داد. او مردم را بيدار و هوشيار كرد و حقايق يك قرن گذشته دين را به آن ها آموخت. آن حضرت اسلام را دور از غبار تحريفات بني اميه و خرافات يهود ترويج كرد. مكتب او مكتب فضيلت و احسان بود و هزارها دانشمند، فريفته ملكات اخلاقي و احسان و اكرام او بودند.