امام باقر (ع) در دوران امامت خويش، با وجود شرايط نامساعدي كه بر عرصه فرهنگ اسلامي سايه افكنده بود، با تلاشي جدي و گسترده نهضتي بزرگ را در زمينه علم و پيشرفت هاي آن طراحي كرد. تا جايي كه اين جنبش دامنه دار به بنيان گذاري و تأسيس يك دانشگاه بزرگ و برجسته اسلامي انجاميد كه پويايي و عظمت آن در دوران امام صادق (ع)، به اوج خود رسيد.

امام با برقراري حوزه درس، با كج انديشي ها، زدودن چالش هاي علمي، تحكيم مباني معارف و اصول ناب اسلامي با تكيه بر آيات رهنمون گر قرآن مبارزه كرد و تمام ابواب فقهي و اعتقادي را از ديدگاه قرآن بررسي كرد و به پرورش دانشمندان و فرهيختگان عصر خود و جنبش بزرگ علمي كمر بست؛ به گونه اي كه دانشمندي چون «جابر بن يزيد جعفي» هر گاه مي خواست سخني در باب علم به ميان آورد - با آن توشه اي كه از دانش داشت - مي گفت: «جانشين خدا و ميراث دار دانش پيامبران محمد بن علي (ع) برايم اين گونه گفت» [1] و به دليل ناچيز ديدن موقعيت علمي خود در برابر جايگاه امام، از خود نظري به ميان نمي آورد.

«ابو اسحاق سبيعي» از ديگر فرهيختگان اين دوره، آن قدر نظرات علمي امام را درست مي پندارد كه وقتي از او در مورد مسئله اي مي پرسند، پاسخ را از زبان امام مي گويد و مي افزايد: «او دانشمندي است كه هرگز كسي به سان او [در علم] نديده ام». [2] .

«ابو زرعة» نيز در اين باره اقرار مي كند: «او بزرگ ترين دانشمندان است». [3] .