در زمان امام باقر (عليه السلام) سلطنت بني اميه در اثر اختلاف داخلي و عياشي و تن پروري و بي كفايتي رجال دولت روبه ضعف نهاده بود و روز به روز آثار اين ضعف و سستي در پيكر آن ظاهر مي شد، از طرفي هم در اثر ظلم و ستم بني اميه هر روز در گوشه و كنار بلاد اسلامي انقلاب و جنگهائي رخ مي داد و اين گرفتاريها دستگاه خلافت را تا حدودي از تعرض به اهل بيت (عليهم السلام) باز مي داشت.

از طرفي هم وقوع حادثه دلخراش كربلا مظلوميت اهل بيت، مسلمانان را مجذوب و علاقمند اهل بيت مي ساخت اين عوامل سبب شده بود، مردم و به خصوص شيعيان مانند سيل به سوي امام پنجم در مدينه سرازير شوند و لذا امكاناتي از نشر حقايق اسلامي و معارف اهل بيت براي آن حضرت فراهم آمد كه براي هيچيك از پيشوايان گذشته اهل بيت فراهم نيامده بود گواه اين مطلب اخبار و احاديث بيشماري است كه از امام باقر (عليه السلام) نقل شده است و گروه انبوهي از رجال علم و دانشمندان شيعه است كه در رشته هاي مختلف معارف اسلامي در مكتب آن حضرت پرورش يافته اند كه در كتب فهرست و رجال اساميشان ضبط شده است.

و اين فرصت براي بازسازي مذهب شيعه يك فرصت طلائي بود، زيرا قبل از زمان امام باقر (عليه السلام) در اثر فشار و اختناق شديد بني اميه فقه اهل بيت از دست رفته بود و با اين كه براي استنباط احكام هزاران حديث لازم است، حتي از اخباري كه از پيغمبر اكرم (صلي الله عليه و آله و سلم) به وسيله صحابه نقل شده بود، بيش از پانصد حديث باقي نمانده بود.

كشي در اين مورد نقل كرده است كه:

قبل از امامت محمد باقر (عليه السلام)، شيعيان علم حلال و حرام را به جز آنچه از ديگر مردم آموخته بودند، نمي دانستند تا اينكه زمان ابوجعفر امام باقر (عليه اسلام) فرا رسيد و وي امام شد، او دانش (شريعت) را به آنها آموخت و توضيح داد و آنان شروع به تعليم كساني كردند كه قبلا از آنها ياد مي گرفتند.

از اين روايت معلوم مي شود كه تا زمان امام باقر (عليه السلام) به ندرت تفاوت هائي در اعمال شرعي ميان شيعيان و اصحاب حديث مدينه و كوفه و جاهاي ديگر وجود داشته است.

امام پنجم از اين فرصت استفاده فراوان نمود و به نشر علوم اهل بيت (عليهم السلام) و فقه اسلامي پرداخت و دانشمندان زيادي از مكتب خويش تحويل جامعه داد.

عبدالله بن عطاء مكي مي گويد: ما رايت العلماء عند احد قط اصغر منهم عند ابي جعفر محمد بن علي بن الحسين (عليه السلام) و لقد رايت الحكم ابن عتيبه مع جلالته في القوم بين يديه كانه صبي بين يدي معلمه.

نديدم دانشمندان را نزد هيچكس كه كوچكتر و كم قدرتر باشند همچنانكه در نزد ابي جعفر محمد بن علي بن الحسين (عليه السلام) هستند و من خود ديدم حكم بن عتيبه را با آن مرتبه اي كه در ميان مردم داشت، در برابر آن جناب همچون كودكي بود كه پيش روي استاد خود نشسته باشد.

و كان جابربن يزيد الجعفي اذا روي عن محمد بن علي (عليه السلام) شيئا قال حدثني وصي الاوصياء و وارث علوم الانبياء محمد بن علي بن الحسين (عليه السلام).

و جابربن يزير جعفي (با آن علم و دانشي كه داشت) هرگاه مطلبي از آن حضرت نقل مي كرد، مي گفت براي من حديث كرد وصي اوصياء وارث علوم انبيا محمد بن علي بن الحسين (عليه السلام).

قيس بن ربيع مي گويد، از ابي اسحاق سبيعي از حكم مسح كشيدن بر روي كفش (در وضو) پرسيدم (كه آيا جايز است يا نه؟) ابواسحاق گفت من مردم را ديدم كه بر آن مسح مي كنند تا اين كه مردي از بني هاشم كه هرگز مانند او را در علم و دانش نديده بودم، برخوردم و او محمد بن علي بن الحسين بود، من حكم مسح كردن بر روي كفش را از او پرسيدم و او مرا از اين كار نهي كرد و فرمود اميرالمومنين (عليه السلام) بر روي كفش مسح نمي كرد و مي فرمود حكم كتاب خدا (قرآن) با آنچه مردم انجام مي دهند، پيشي گرفته است (يعني حكم قرآن برخلاف آن است و برطبق دستور قرآن اينكار جايز نيست).

ابواسحاق گفت، از آن روز كه او مرا نهي كرد ديگر به روي كفش مسح نكردم قيس بن ربيع نيز گويد من نيز از آن روز كه از اسحاق اين حديث را شنيدم به كفش مسح نكردم.

محمد بن منكدر كه يكي از علماي بزرگ اهل سنت است، مي گويد باور نداشتم علي بن الحسين فرزندي به يادگار گذارد كه فضل و دانشش مانند خود او باشد، تا اين كه پسرش محمد بن علي را ديدم، پس من خواستم او را موعظه كنم كه او مرا موعظه كرد، اصحابش گفتند بچه چيز تو را موعظه كرد؟ گفت من در ساعتي كه هوا بسيار گرم بود، به سوي جائي از اطراف مدينه بيرون رفتم و در راه به محمد بن علي برخوردم و او مردي تنومند بود، ديدم بر دوش دو غلام خود تكيه زده، من با خود گفتم بزرگي از بزرگان قريش در اين هواي گرم با اين حال براي بدست آوردن مال دنيا بيرون آمده هم اكنون او را موعظه خواهم كرد؟ پس نزديك رفته بر او سلام كردم و او همچنان نفس زنان و عرق ريزان جواب سلام مرا داد به او گفتم خدا كارت را اصلاح كند بزرگي از بزرگان قريش در اين هواي گرم با اين حال براي طلب دنيا بيرون آمده، اگر اكنون مرگ تو در رسد و در اين حال باشي چه خواهي كرد؟ گويد آن جناب دست از دوش آن دو غلام برداشته روي پاي خود ايستاد فرمود به خدا اگر مرگ من در اين حال فرار رسد درحالي نزد من آمده كه در حال اطاعت خداوند هستم كه بدان وسيله نيازمندي خود را از تو و از مردم دور مي سازم و جز اين نيست كه من آنگاه از مرگ مي ترسم كه بر من درآيد و من در حال نافرماني و معصيتي باشم. من كه اين پاسخ را از او شنيدم گفتم خدايت رحمت كند من مي خواستم ترا نصيحت كنم كه تو مرا نصيحت كردي.

مرحوم مفيد مي نويسد امام باقر (عليه السلام) از اخبار گذشتگان و پيغمبران نيز روايت فرموده و در مناقب و فضائل جهاد كنندگان از آن حضرت حديث نوشته اند و درباره سنن و تفسير قرآن از او روايت كنند و از او شيعه و سني روايت نقل نمايند و با اهل آراء و مذاهب كه بر او وارد مي شدند، مناظره مي فرمود و مردم بسيار علم كلام از او فرا گرفته اند.