در برابر يك دوره خاموش فقه و حديث و خيزش علمي اهل سنت در مرحله بعد، امام باقر عليه السلام به دو كار عمده دست زد:

1. ايجاد جنبش علمي شيعي در فقه، تفسير، حديث، اخلاق و....

2. تلاش براي زدودن تحريف هاي ناشي از اقدامات علمي اهل سنت. [1] .

درخشش امام عليه السلام در هر دو جبهه ي احياي ارزشهاي نبوي، به گونه اي بود كه عبدالله بن عطاء مكي مي گفت: «ما رايت العلماء عند احد قط اصغر منهم عند ابي جعفر و لقد رايت الحكم بن عيينة مع جلالته في القوم بين يديه كانه صبي بين يدي معلمه; [2] علماء را در محضر هيچ كس كوچكتر از آنها در حضور ابوجعفر عليه السلام نديدم. حكم بن عيينه با تمام عظمت علمي اش در ميان مردم، در برابر او، مانند بچه اي مقابل معلم خود بود.»

و ابوزهره مي نويسد: «امام باقر عليه السلام وارث امام سجاد عليه السلام در امامت و هدايت مردم بود. از اينرو علماي تمام بلاد اسلامي از هر سو به محضر او مي شتافتند و كسي از مدينه ديدن نمي كرد، مگر اينكه به خدمت او شرفياب شده و از علوم بي پايانش بهره ها مي گرفت.» [3] .