از مسئوليت هاي مهم امام باقر عليه السلام در راستاي وظيفه ي پاسداري از ارزشها، رد شبهات فكري بود. آن حضرت اين مسئوليت را در قالب نامه، سخنراني، مناظره و... انجام مي داد. نمونه هايي را در ذيل مي خوانيم.

- از امام باقر عليه السلام سؤال شد: آيا درست است واژه ي شي ء برخدا اطلاق شود؟ فرمودند: بلي! اطلاق لفظ شي ء بر خدا درست است، چون اين اطلاق او را از حد تعطيل و تشبيه بيرون مي آورد. [1] (يعني واژه ي شي ء بر هر چيزي اطلاق مي شود كه وجود دارد و اگر اين واژه را به كار نبريم، لازم مي آيد درباره اش هميشه سكوت كنيم و راه انديشه را تعطيل كنيم).

- فردي به امام باقر عليه السلام گفت: خدا از چه زماني وجود داشت؟ آن حضرت فرمودند: واي بر تو! زمان براي موجودي است كه سابقه ي نيستي دارد، اما خدا داراي وجود هميشگي است. [2] .

- از آن حضرت درباره ي تفسير آيه ي «يا ابليس ما منعك ان تسجد لما خلقت بيدي » [3] سؤال شد. آن حضرت فرمودند: «يد» در كلام عرب به معناي قوت و عظمت است. خداوند مي فرمايد: «والسماء بنيناها بايد» [4] ; آسمان را با قدرت و نيرو افراشتيم.» [5] .

- مردي از خوارج به امام باقر عليه السلام گفت: چه چيز را مي پرستي؟ فرمود: خداي متعال را. گفت: آيا او را ديده اي؟ فرمود: «چشمها با مشاهده حسي او را نديده اند، ولي قلبها به حقيقت ايمان خدا را يافته اند. خدا را به وسيله ي مقايسه نمي توان شناخت و با حواس نمي توان درك كرد و شباهتي با آدميان ندارد. خدا به وسيله ي نشانه ها و آياتش، وصف و شناخته مي شود و در حكم و داوري اش هرگز ستم نمي كند. اين همان خدايي است كه جز او معبودي نيست. [6] .