در سال 57 هجري در شهر مدينه ستاره اي ديگر از ستارگان آسمان امامت و ولايت بدرخشيد و با نور خود، عالم را منور نمود. نام او «محمد» و كنيه اش «ابوجعفر» بود كه بعدها به «باقر» ملقب گشت. پدرش امام زين العابدين پيشواي چهارم شيعيان و مادرش «ام عبدالله » دختر امام حسن مجتبي بودند، از اين جهت هم از نظر پدر و هم از نظر مادر فاطمي و علوي بوده است. آن حضرت در سال 94 بعد از فوت پدر گرامي اش عهده دار مقام امامت و زعامت شيعيان جهان شد و در سال 114 هجري در شهر مدينه رحلت نمود و در قبرستان بقيع در كنار قبر پدر و جدش به خاك سپرده شد.

دوران پرفروغ امامت آن حضرت با برخي از خلفاي بني اميه مقارن بود كه عبارتند از:

1ـ وليد بن عبدالملك (86 ـ 96)

2ـ سليمان بن عبدالملك (96 ـ 99)

3ـ عمر بن عبدالعزيز (99 ـ 101)

4ـ يزيد بن عبدالملك (101 ـ 105)

5ـ هشام بن عبدالملك (105 ـ 125)

اين دوران گرچه با ظلم و فساد و خوشگذراني و هوسراني دستگاه خلافت بني اميه همراه بود و امام عليه السلام در شرائط سخت و دشواري به تبليغ احكام و مباني اعتقادي اسلام مي پرداخت، ولي نسبت به دوران زندگي ديگر ائمه عليهم السلام وضعيتي نسبتا آرام داشت. در آغاز امامت آن حضرت كه با حكمراني وليد بن عبدالملك مقارن بود، دستگاه خلافت بني اميه درصدد كشورگشايي و گسترش قلمرو حكومت خود بود، از اين رو جامعه اسلامي در داخل با فشارهاي سياسي كمتري همراه بود، همچنين «سليمان » برادر «وليد» در مدت كوتاه خلافت خود درهاي زندانهاي عراق را گشود و تمام زندانيان بي گناه را كه «حجاج بن يوسف » در بند كشيده بود، آزاد ساخت، و بعد از اين دو «عمر بن عبدالعزيز» در زمان خلافتش خدمات زيادي را انجام داد، از جمله خدمات او عبارتند از: مبارزه با تبعيض و فساد، ممنوع كردن سب علي عليه السلام كه از زمان معاويه ـ لعنة الله عليه ـ رواج پيدا كرده بود، و برگرداندن فدك به خاندان اهل بيت عليهم السلام امام باقر عليه السلام از اين موقعيت نهايت استفاده را برد و زيربناي يك جنبش عظيم علمي و فكري را پايه گذاري نمود كه بعد از ايشان در زمان امامت امام صادق عليه السلام به تكامل رسيد.