از ويژگيهاي ممتاز امام باقرعليه السلام موقعيت ممتاز علمي ايشان در بين تمام دانشمندان آن زمان بود كه با اظهار گوشه هايي از علم لدني خود، ضعف و حقارت علوم اكتسابي و بشري را آشكار ساخت و تمام دانشمندان را مجذوب قدرت علمي خود نمود تا جايي كه بزرگ ترين دانشمندان، خود را در مقابل عظمت علمي امام حقير مي شمردند. عبدالله بن عطاء مي گويد: «ما رايت العلماء عند احد اصغر علما منهم عند ابي جعفر؛ دانشمندان را از نظر علمي نزد هيچ كس كوچكتر از آنها نزد ابي جعفر عليه السلام نديدم». سپس اضافه مي كند: «لقد رايت الحكم عنده كانه مغلوب وكان عالما نبيلا جليلا في زمانه؛

حكم [بن عيينه] را ديدم كه نزد امام عليه السلام مغلوبي بيش نبود و حال آن كه «حكم » عالم برجسته و بزرگي در زمان خود بود».و در بعضي متون نقل شده كه او گفته است: «كانه صبي بين يدي معلمه؛ [در مقابل امام باقر عليه السلام انگار] «حكم » مانند كودكي دانش آموز نزد معلم خود بود».

اين ويژگي امام چنان برجسته بود كه به لقب «باقر» يعني شكافنده علوم مشهور گرديد. مورخين در توضيح اين لقب امام مي نويسند: «سمي الباقر لانه بقر العلم اي شقه فعرف اصله وخفيه؛ محمد بن علي، باقر ناميد شد به خاطر اينكه او علم و دانش را شكافت و اصل و باطن علم را شناخت».