سه عامل بسيار مهم سبب شده بود تا ائمه قبل از امام باقر عليه السلام نتوانند آن گونه كه شايسته آنها است علوم خود را گسترش دهند و قوانين حيات بخش اسلام را به صورت كامل براي مردم بيان كنند. اين عوامل عبارتند از:

الف) اوضاع سياسي: در زمان امامت ائمه پيش از امام باقر عليه السلام تبليغات سوئي بر عليه خاندان عترت و طهارت صورت مي پذيرفت، چنان كه به دستور معاويه ـ لعنة الله عليه ـ بر منابر به اميرالمؤمنين علي عليه السلام دشنام مي دادند و چنان بر عليه اين خاندان دروغ پردازي مي كردند كه بعد از شهادت آن حضرت در محراب نماز، مردم در خارج از كوفه گفتند: مگر او نماز هم مي خوانده است. علاوه بر اين روابط مردم با اين خاندان تحت كنترل شديد حكام بني اميه بود و پيروان آنان دستگير و سپس شكنجه و زنداني مي شدند و يا به قتل مي رسيدند، از اين رو شرايط به گونه اي بود كه تبيين احكام و مباني اسلامي توسط ائمه به آساني ممكن نبود.

ب) منع كتابت و نقل حديث: بعد از رحلت پيامبر گرامي اسلام، خلفا و حاكمان، به بهانه حفظ قرآن و مخلوط نشدن آيات الهي با احاديث نبوي و با شعار «كفانا كتاب الله؛ كتاب خدا ما را كفايت مي كند»، از نوشتن و نقل احاديث به شدت ممانعت مي كردند و هر كس كه حديثي را نقل مي كرد او را توبيخ مي كردند، حتي خليفه دوم احاديثي را كه نوشته شده بود جمع آوري كرد و آنها را سوزاند. اين امر سبب شد كه ائمه نتوانند سنت پيامبر صلي الله عليه وآله را براي مردم بيان كنند. اين دستور در زمان امام باقر عليه السلام توسط «عمر بن عبد العزيز» لغو شد و لذا آن حضرت فرصت يافت تا به احياي سنت نبوي بپردازد.

ج) جهل و ناداني مردم: اين عامل سبب شده بود كه مردم از چراغهاي فروزنده و روشني بخش بي بهره بمانند به حدي كه وقتي حضرت علي عليه السلام فرمودند: «فاسالوني قبل ان تفقدوني؛ قبل از اينكه مرا از دست بدهيد هر چه مي خواهيد از من سؤال كنيد»، سعد بن ابي وقاص گفت: بگو موهاي ريش من چقدر است. اين جهل و ناداني حسرت تمام انديشمندان جهان را برانگيخته است كه اي كاش ما مخاطب چنين شخصيت بزرگي بوديم و از محضر او بهره مند مي شديم.

اما در زمان امام باقرعليه السلام كه اوضاع سياسي كمي آرامتر شده بود و كتابت و نقل حديث آزاد شده و مردم تا حدودي به ماهيت پليد حكام بني اميه پي بردند، آن حضرت بزرگ ترين نهضت علمي جهان اسلام و تشيع را بنا نهادند و عالم اسلام را از علوم سرشار خود سيراب ساختند. در اين عصر بود كه تدوين فرهنگ شيعه شامل فقه، تفسير و اخلاق آغاز شد. اين رشد علمي موجب شد كه درباره امام باقر عليه السلام گفته شود: «ولم يظهر من ولد الحسن والحسين من العلوم ما ظهر منه من التفسير والكلام والاحكام والحلال والحرام؛ آنچه از دانشهايي همچون تفسير، كلام، احكام و حلال و حرام از امام باقر عليه السلام ظاهر گشت از هيچ يك از فرزندان امام حسن و امام حسين عليهما السلام ظاهر نگرديد».

از اين رو رجال و شخصيتهاي بزرگ علمي آن روزگار از محضر امام باقر عليه السلام كسب فيض مي كردند و شاگردان زيادي در اين دانشگاه بزرگ اسلامي تربيت يافتند. شخصيتهايي همچون «جابر بن يزيد جعفي »، «كيسان سجستاني »، «ابن مبارك »، «زهري »، «اوزاعي »، «هشام ابن حكم »، «هشان ابن سالم » و حتي برخي از بزرگان اهل سنت مانند «ابو حنيفه »، «مالك » و «شافعي » از آثار علمي آن حضرت بهره مند شده و سخنان ايشان را بي واسطه وگاه با چند واسطه نقل نموده اند. همچنين علاوه بر مورخين و محدثين شيعه، بسياري از مورخين و علماي اهل سنت همچون طبري، بلاذري، خطيب بغدادي، ابو نعيم اصفهاني و زمخشري، سخنان درر بار آن امام بزرگ را بيان نموده اند و در كتب آنها جمله: «قال محمد بن علي » و يا «قال محمد الباقر» فراوان ديده مي شود.