از ويژگيهاي بارز و فضائل اخلاقي امام باقر عليه السلام كثرت عبادت و همچنين زهد و بي رغبتي به دنيا بود. مورخين در مورد كثرت عبادت آن حضرت نوشته اند: «ان ابا جعفر كان يصلي في اليوم والليلة ماة وخمسين ركعة؛ همانا اباجعفر (امام باقر) در طول شبانه روز 150 ركعت نماز مي خواند». اين موضوع موجب شده بود كه برخي مشهور شدن آن امام به «باقر» را علاوه بر وسعت علم، به خاطر كثرت سجود بدانند؛ چنان كه سبط بن جوزي از علماي اهل سنت مي گويد: «انما سمي الباقر من كثرة سجوده، بقر السجود جبهته، اي فتحها؛ همانا آن حضرت به سبب كثرت سجود، باقر ناميده شد و كثرت سجود پيشاني آن حضرت را شكافته بود».

از ديگر سجاياي اخلاقي آن امام همام، كثير الذكر بودن ايشان بود، چنان كه لحظه اي ياد خدا و ذكر حق را ترك نمي كرد. در روايتي از امام صادق عليه السلام نقل شده كه فرمودند: «وكان ابي عليه السلام كثير الذكر، لقد كنت امشي معه وانه ليذكر الله وآكل معه الطعام وانه ليذكر الله؛ پدرم كثير الذكر بود، هنگامي كه با او راه مي رفتم، ذكر خدا مي گفت و در هنگامي كه با او غذا مي خوردم، ذكر خدا مي گفت».

همچنين آن حضرت هيچ رغبتي به امور دنيوي نداشته و تمام وجود خود را معطوف پروردگار خويش مي ساخت و پيوسته شيعيان را نسبت به زهد و پارسايي آگاهي مي داد. آن حضرت در يكي از سفارشات اخلاقي خود به جابر جعفي مي فرمايد: «يا جابر من دخل قلبه صافي دين الله عزوجل، شغله عما سواه، يا جابر ما الدنيا؟ وما عسي ان تكون؟ هل هي الا مركبا ركبته؟ او ثوبا لبسته، ان المؤمنين لم يطمئنوا الي الدنيا لبقاء فيها ولم يامنوا قدوم الآخرة عليهم ولم يصمهم عن ذكر الله ما سمعوا بآذانهم من الفتنة ولم يعمهم عن نور الله ما راوا باعينهم من الزينة ففازوا بثواب الابرار، ان اهل التقوي ايسر اهل الدنيا مؤونة واكثرهم لك معونة؛

اي جابر! هر كس كه دين بدون پيرايه خداوند عزوجل در قلبش داخل شود، او را از غير خدا مشغول مي سازد. اي جابر! دنيا چيست؟ و چه چيز مي تواند باشد؟ آيا جز مركبي است كه بر او سوار شده اي؟ يا لباسي كه آن را پوشيده اي؟ همانا مؤمنين به دنيا براي باقي ماندن در آن اعتماد نمي كنند، و از آمدن آخرت، خود را ايمن نمي دانند و فتنه هايي كه مي شنوند گوشهاي آنان را از شنيدن ذكر حق كر نكرده است و زينتهاي دنيائي كه مي بينند چشمشان را از ديدن نور خدا كور نكرده است، پس به ثواب ابرار نايل آمده اند. همانا اهل تقوي از همه كم مؤونه تر هستند و براي تو كمك كارترين مي باشند».