و بحث الامام أبوجعفر في كثير من محاظراته المسائل الكلامية، و سئل عن أعقد المسائل و أدقها في بحوث هذا العلم فأجاب عنها، و من الجدير بالذكر أن عصر الامام كان من أشد العصور الاسلامية حساسية فقد امتد فيه الفتح الاسلامي الي أغلب مناطق العالم و شعوب الارض فأثار ذلك موجة من الحقد في نفوس المعادين للاسلام من الشعوب المغلوبة علي أمرها، و من غيرها، فقاموا بحملة دعائية ضد العقيدة الاسلامية فأذا عوا الشكوك و الأوهام بين أبناء المسلمين، و قد شجعت الحكومات الأموية المتعاقبة الأفكار المعادية للاسلام، فلم يؤثر عن أي أحد من ملوك بني أمية أنه قاومها أو تصدي لايقافها و عدم نشرها بين المسلمين و لم يكن هناك احد قد انبري الي انقاذ المسلمين في ذلك العصر سوي الامام أبي جعفر الباقر عليه السلام فقد تصدي الي تزييفها و الرد عليها ببالغ الحجة و البرهان.

و علي أي حال فقد اخترنا من جملة المباحث الكلامية - التي اشتهرت عنه عليه السلام و التي كانت محل اثارة و تشويش آنذاك - مبحثي التوحيد و الامامة.