وبحث الإمام أبو جعفر في كثير من محاضراته المسائل الكلامية، وسئل عن أعقد المسائل وأدقها في بحوث هذا العلم فأجاب عنها.

ومن الجدير بالذكر أن عصر الإمام كان من أشد العصور الإسلامية حساسية فقد امتدّ فيه الفتح الاسلامي الي اغلب مناطق العالم وشعوب الارض فأثار ذلك موجة من الحقد في نفوس المعادين للاسلام من الشعوب المغلوبة علي أمرها، فقاموا بحملة دعائية ضد العقيدة الإسلامية وأذاعوا الشكوك بين أبناء المسلمين، وقد شجّعت الحكومات الاُموية التيارات ذات الافكار المعادية للاسلام; إذ لم يؤثّر عن أي واحد من ملوك بني اُمية أنه قاومها أو تصدّي لإيقافها بين المسلمين، ولم يكن هناك أحد قد انبري الي انقاذ المسلمين في ذلك العصر سوي الإمام أبي جعفر (عليه السلام) حيث تصدي لتزييفها والرد عليها ببالغ الحجة والبرهان.

واليك نماذج من بحوثه: