امام پنجم نام مباركش محمد است و اين نام از اسم جدش اتخاذ شده به نص مناقب [1] چون حضرت امام محمد باقر عليه السلام شبيه به جدش رسول خدا صلي الله عليه و آله وسلم بود نامش را به نام جدش گذاشتند و در اعلام الوري نيز همين عقيده تأييد شده است [2] .

لقبش باقر است زيرا او علم و دانش را شكافت و اسرار آنرا آشكار ساخت و پرده از روي آن برداشت و تحقيقات رشيقه در علم و ادب كرد - ديگر از القاب آن حضرت رافع است براي آنكه مقام علم را بلند كرد و يكي ديگر ذاكر است زيرا هميشه ذكر خدا مي گفت و شاكر است كه همواره شكر خدا مي كرد و هادي است زيرا به ارشاد و هدايت دست زد و صابر و جامع و حاضر است زيرا داراي تمام صفات جمال اين الفاظ بود.

كنيه آن حضرت ابوجعفر است چنانچه در مناقب و فصول المهمه و جنات الخلود و دوائر العلوم و تذكرةالائمه و كشف الغمه و ساير كتب متعرض شده اند.

پدرش حضرت علي بن الحسين زين العابدين و سيد الساجدين است.

مادرش ام عبدالله فاطمه دختر امام حسن مجتبي عليه السلام بنابراين امام محمد باقر در نسب اولين كسي است كه جمع بين نسل سبطين وسيدي شباب اهل جنه كرده است و او از بطن هاشميين و علويين و فاطميين بوجود آمده و اين بزرگترين افتخار و شرافتمندترين نسب است.