او چهار سال از عمر خود را در سايه ي جدّش، سبط شهيد پيامبر، سپري كرد و از صبغه الهي كه در زندگي امام حسين تجلّي يافته بود، برخوردارگشت. بي گمان فاجعه جانگداز كربلا، بر شخصيّت امام باقر كه لحظه به لحظه شاهد صحنه هاي آن بود، تأثير خود را گذاشت چرا كه بنابر برخي روايات، آن حضرت از جمله كساني بود كه همراه با بقيه بني هاشم در اين ماجرا حضور داشت.

امام پس از اين فاجعه 19 سال و 60 روز در سايه ي پدر بزرگوارش،سيّد الساجدين، به سر برد [1] كه حيات او نمونه اي والا از زندگي ربّاني بود و پرتو اين حيات، طريق سالكان حق را تا به امروز روشني بخشيده است.

از همان روزهاي آغازين حياتش، خطوط امامت در سيمايش آشكاربود. در حديثي از ابو الزبير محمّد بن مسلم مكّي آمده است كه گفت: نزد جابر بن عبدالله بوديم كه علي بن الحسين و فرزندش محمّد كه هنوز كودك بود، وارد شدند.

جابر، آن حضرت را در آغوش گرفت، علي بن الحسين خطاب به فرزندش فرمود: سر عمويت را ببوس، محمّد به جابر نزديك شد و سر او را بوسيد، جابر كه بينايي اش را از دست داده بود، پرسيد: اين كيست؟ علي بن الحسين پاسخ داد: اين محمّد پسر من است.جابر او را درآغوش گرفت وگفت: اي محمّد! رسول خدا صلي الله عليه وآله بر تو سلام فرستاده،پرسيدند: چطور؟! گفت: پيش رسول خدا بودم و حسين در اتاق آن حضرت مشغول بازي بود، پيامبر فرمود:

اي جابر: فرزندم حسين را پسري است كه علي خوانده مي شود چون روز قيامت فرا رسد، منادي بانك بر آورد كه سيد العابدين برخيزد. درآن هنگام علي بن الحسين بر مي خيزد، براي اين علي پسري به دنيا خواهد آمد كه محمّد نام دارد. اي جابر چنانچه او را ديدي سلام مرا به او برسان و بدان كه عمر تو پس از ديدار او، اندك خواهد بود.

پس از اين ديدار ديري نپاييد كه جابر جهان را بدرود گفت. [2] .

امام محمّد باقر پس از رحلت پدرش، امامت مردم را عهده دار شد.