دانش امام باقر(ع) نيز همانند ديگر امامان از سرچشمه وحي بود. در كتاب هاي تراجم اهل سنت با صراحت از شخصيت علمي و معنوي امام باقر(ع) ستايش و تمجيد شده است. در زمان امام باقر(ع) كه خلفاي اموي درگير مشكلات داخلي و انحرافات فكري و اجتماعي و اخلاقي خود و مردم بودند و به ويژه در طول حكومت «عمر بن عبدالعزيز» كه نسبتاً فردي لايق بود، امام(ع) توانست «دانشگاه اسلامي مدينه» را پايه ريزي كند. كه در زمان امام صادق(ع) به صورت دانشكده هايي در تمام زمينه هاي علمي، كارآمد شد. از جمله تربيت يافتگان اين مكتب، افرادي مانند: محمد بن مسلم، زراره بن اعين، حمران بن اعين، اَبانِ بن تَغْلِب، جابر بن عبدالله انصاري، عبدالله ابي يعفور، كميت اسدي، ابوبصير، هشام بن سالم و بريد بن معاويه عجلي بودند.

آنچه از امام محمدباقر(ع) روايت شده، در همه زمينه هاي علوم اسلامي است؛ اعم از تفسير و علوم قرآني، فقه، كلام، اخلاق، تاريخ، سيره و مسائل نظام آفرينش كه گاهي برخي از شاگردان آن حضرت آنها را به صورت كتاب مستقلي تدوين كرده اند.

دوران زندگي امام، در تاريخ تفكر از اهميت به سزايي برخوردار است. از مهم ترين دوران امام باقر(ع) مي توان به پيدايش مذاهب كلامي چون مرجئه و معتذله و خوارج، آشنايي مسلمانان با آراي اديان ديگر، حضور پراكنده پيروان ديگر اديان در ميان مسلمانان، ظهور اختلافات فقهي بر اثر عدم دسترسي فقهاي متأخر به سنت نبوي به واسطه ممنوعيت طولاني روايت و كتابت حديث، انحراف عملي و فكري سران سرزمين اسلامي از تعاليم پيامبر(ص) و توجيه حكومتِ امويان از طريق ارائه ناقص و تحريف شده تعاليم اسلام اشاره كرد.

ازآن جا كه عصر امام باقر(عليه السلام)، عصر برخورد انديشه هاي اسلامي و غيراسلامي بود، مناظره هاي زيادي بين دانشمندان اديان مختلف با امام از سوي حكمرانان بني اميه سازمان دهي شد كه امام(ع) همچون سدي استوار در برابر نفوذ عقايد باطل آنان ايستادگي مي نمود و پايگاه هاي فكري و عقيدتي آنان را در هم مي كوبيد.

زندگي امام باقر(ع) هم زمان بود با خلافت بني مروان. به طور كلي بني اميه، افزون بر احياي سنن جاهلي به دليل عدم كفايت سياسي، زمينه انحرافات اجتماعي و فرهنگي و فساد همه جانبه را فراهم كرده بودند. برخي از خلفاي آنان مثل هشام بن عبدالملك، مشكلات فراواني براي فعاليت ائمه فراهم كرده بودند. به همين دليل، امام محمدباقر(ع) به شدت تحت فشار بودند؛ تا آنجا كه ايشان ناچار شدند با استفاده از تقيه، اهداف فكري و ديني خود و شيعيان را پيش ببرند. با اين همه، امام(ع) عليه زورگويان حاكم موضع گيري و شيعيان خود را از همكاري با حكام جز در موارد استثنايي منع مي كردند. بنا بر مصالح جامعه، مخالفت با حاكمان و دعوت به عدم همكاري و مبارزه منفي، از موانع روشن و مشخص امام بود.

امام باقر(ع) در بطلان كار خلفاي حاكم و عدم مشروعيت كار آنان تأكيد داشتند و لزوم برقراري امامت راستين در جامعه اسلامي را براي مردم مطرح مي كردند.

در دوران امام باقر(ع) حكام اموي بر اهل بيت سخت گيري مي كردند و اين سخت گيري به دليل ادعاي امامت و زعامت ديني و سياسي آنها بود كه امويان را غاصب مي دانستند. از خلفاي اموي تنها عمر بن عبدالعزيز بود كه به طور نسبي برخوردي ملايم با اهل بيت داشت.

بنا بر روايتي روزي امام باقر(ع) بر هشام بن عبدالملك وارد شد و به او با عنوان خليفه و اميرالمؤمنين سلام نكرد. هشام ناراحت شد و پس از سرزنش امام، دستور بازداشت او را صادر كرد. كساني كه در زندان با آن حضرت بودند، تحت تأثير شخصيت نافذ امام قرار گرفتند. وقتي هشام از اين موضوع آگاه شد دستور داد حضرت را به مدينه بازگردانند. سرانجام آن حضرت در هفتم ذيحجه سال 114 هجري قمري در 57 سالگي در مدينه به وسيله هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست و پيكر مقدسش در قبرستان بقيع ـ كنار پدر بزرگوارش ـ مدفون گشت.