كليني به سند صحيح از زراره روايت كرده است كه گفت روزي از حضرت امام محمد باقر (عليه السلام) شنيدم كه فرمود :

درخواب ديدم كه برسركوهي ايستاده ام ومردم ازهرطرف آن كوه به سوي من بالا مي آ مدند چون مردم بسياري دراطراف آن كوه جمع شدند به ناگاه كوه بلند شد ومردم ازهرطرف آن فرو مي ريختند ، تا آنكه جماعتي برآن كوه باقي ماندند واين اتفاق پنج مرتبه تكرارشد ، گويا آن حضرت اين خواب رابه وفات خود تعبير فرموده بود ، كه بعدازگذشت پنج شب ازاين خواب به رحمت ايزدي پيوستند .

دركافي و بصائر الدرجات و ساير كتاب هاي معتبر روايت كرده اند كه حضرت امام صادق (عليه السلام ) فرمود : كه پدرم بيماري سختي گرفته بود وبيشتر مردم ازبيماري حضرت ترسيدند واهل بيت آن حضرت را به گريه درآمدند كه امام باقر(عليه السلام) فرمود: من دراين بيماري ازدنيا نخواهم رفت زيرا دو نفر نزد من آمدند وبه من چنين خبردادند پس ازآن بيماري صحت يافت ومدتي وسالم بود . وبراي من زمين را بشكاف وگود كن زيرا كه من فربه هستم ودرزمين مدينه براي من نمي توان لحد ساخت .

علت فرمايش حضرت آن است كه زمينه اي مدينه سخت بودند به جاي آنكه قبر را به اندازه قد متوسط انسان گود كنند ، معمولاً براي قبر درآن زمينها لحد درمي آوردند يعني حفره اي به اندازه جسد درديوار قبردرسمت قبله درست مي كردند و چون امام باقر (عليه السلام) فربه وچاق بودند و در ديوار قبر به سختي جاي مي گرفتند ، لذا وصيت كردند كه زمين را براي اين امر گود نمايند تا ايشان به آساني وبدون مشكل درقبر شريفشان جاي گيرند.
از حضرت امام صادق (عليه السلام) روايت كرده است كه پدرم گفت: اي جعفر از مال من براي ندبه كنندگان وقف كن كه ده سال در مني در موسم حج برمن ندبه و گريه كنند. و رسم ماتم را تجديد نمايند و برمظلوميت من زاري كنند.
پس گفتم : اي پدر بزرگوار من امروز تورا ازهمه وقت سالم تر مي بينم و ناراحتي درتو مشاهده نمي كنم حضرت فرمود : آن دونفر كه درآن بيماري صحت وسلامت من راخبر دادند دراين بيماري به نزد من آمدند و گفتند : دراين مريضي به عالم آخرت رحلت مي نمايي و به روايت ديگري فرمود: كه اي فرزند ، مگر نشنيدي حضرت علي بن الحسين (عليهما السلام) من را از پس ديوار ندا كرد كه اي محمد بيا و زود باش كه ما انتظار تو را مي كشيم .

كليني به سند حسن روايت كرده است كه حضرت امام محمد باقر (عليه السلام ) هشتصد درهم براي تعزيه و ماتم خود وصيت فرمود.

وبه سند موثق ازحضرت امام صادق (عليه السلام) روايت كرده است كه پدرم گفت: اي جعفر ازمال من براي ندبه كنندگان وقف كن كه ده سال درمني درموسم حج برمن ندبه وگريه كنند. و رسم ماتم راتجديد نمايند وبرمظلوميت من زاري كنند.

كليني به سند معتبر نيز روايت كرده است كه چون امام محمد باقر (عليه السلام ) به جهان باقي رحلت نمود، حضرت امام صادق (عليه السلام ) فرمود : كه هرشب درحجره اي كه آن حضرت درآن وفات يافته بود ، چراغ مي افروختند.

شيخ عباس قمي ميگويند : كه درتاريخ وفات آن حضرت اختلاف است و وفات ايشان در روز دوشنبه هفتم ذيحجه سال صد و چهاردهم به سن پنجاه وهفت سالگي درمدينه مشرفه اتفاق افتاد. وفات ايشان درايام خلافت هشام بن عبدالملك بود وگفته شده كه آن حضرت راابراهيم بن وليد بن عبدالملك بن مروان به زهر شهيد كرده وشايد به امر هشام بوده است .

قبر مقدس آن حضرت به اتفاق همگي دربقيع ، كنار قبر پدر وعم بزرگوار خود ، حضرت امام حسن (عليه السلام) قرار دارد .