بي ترديد امام باقر (ع) در زمان حيات خويش شهرت بسياري داشته و همواره محضر او از دوستدارانش، از تمامي بلاد و سرزمين هاي اسلامي پر بوده است. موقعيت علمي ايشان به مثابه شخصيتي عالم و فقيه، به ويژه به عنوان نماينده علوم اهل بيت، بسياري را وا مي داشت تا از محضر او بهره گيرند و حل اشكالات علمي و فقهي خود را از او بطلبند. در اين ميان، اهل عراق كه بسياري از آنان شيعه بودند، بيش از ديگران مفتون شخصيت آن حضرت شده بودند.

مراجعه كنندگان، خضوعي خاص نسبت به شخصيت علمي امام داشتند، چنانكه عبدالله بن عطاي مكي گويد: علما را در محضر هيچ كسي كوچكتر از زمان حضور در محضر امام باقر (ع) نديدم. «حكم بن عتيبه» با تمام عظمت علمي اش در ميان مردم، در برابر آن حضرت مانند دانش آموزي در مقابل معلم خود به نظر مي رسيد.

شهرت علمي امام، در حد تعبير ابن عنبة، مشهورتر از آن است كه كسي بخواهد آن را بيان كند. اين شهرت در زمان خود ايشان، نه تنها در حجاز بلكه حتي در عراق و خراسان نيز به طور گسترده فراگير شده بود.

شيخ مفيد مي نويسد: از هيچ كدام از فرزندان امام حسن و امام حسين (ع) اين اندازه از علم دين و آثار و سنت و علم قرآن و سيره و فنون ادب كه از امام باقر (ع) صادر شده، ظاهر نشده است.

بسياري از دانشمندان از آن حضرت كسب علم كرده و به او اقتدا نموده بودند و گفتار آن حضرت را پيروي مي كردند و از فقه و دلايل روشني بخش حضرتش در توحيد و فقه و كلام كمال استفاده را به عمل مي آوردند.

امام باقر (ع) طي مدت امامت خود، در همان شرايط نامساعد، به نشر و اشاعه حقايق و معارف الهي پرداخت و مشكلات علمي را تشريح نمود و جنبش علمي دامنه داري به وجود آورد كه مقدمات تأسيس يك «دانشگاه بزرگ اسلامي» را كه در دوران امامت فرزند گراميش امام صادق (ع) به اوج عظمت رسيد، پي ريزي كرد. ايشان در علم، زهد، عظمت و فضيلت سرآمد همه بزرگان بني هاشم بود و مقام بزرگ علمي و اخلاقي او مورد تصديق دوست و دشمن بود. به قدري روايات و احاديث، در زمينه مسايل و احكام اسلامي، تفسير، تاريخ اسلام، و انواع علوم، از آن حضرت به يادگار مانده است كه تا آن روز از هيچ يك از فرزندان امام حسن و امام حسين (ع) به جا نمانده بود.

رجال و شخصيتهاي بزرگ علمي آن روز، و نيز عده اي از ياران پيامبر (ص) كه هنوز درحال حيات بودند، از محضر آن حضرت استفاده مي كردند.

«جابربن يزيد جعفي» و «كيسان سجستاني» (از تابعين) و فقهايي مانند: «ابن مبارك»، «زهري»، «اوزاعي»، «ابوحنيفه»، «مالك»، «شافعي»، «زياد بن منذرنهدي» از آثار علمي او بهره مند شده سخنان آن حضرت را، بي واسطه و گاه با چند واسطه، نقل نموده اند.

كتب و مؤلفات دانشمندان و مورخان اهل تسنن مانند: طبري، بلاذري، سلامي، خطيب بغدادي، ابونعيم اصفهاني، و كتبي مانند: موطا مالك، سنن ابي داود، مسند ابي حنيفه، مسند مروزي، تفسير نقاش، تفسير زمخشري، و دهها كتاب ديگر، كه از مهمترين كتب جهان تسنن است، مملو از سخنان پرمغز پيشواي پنجم است و همه جا جمله: «قال محمد بن علي» و يا «قال محمد الباقر» به چشم مي خورد.

كتب شيعه نيز در زمينه هاي مختلف سرشار از سخنان و احاديث حضرت باقر (ع) است و هر كس كوچكترين آشنايي با اين كتابها داشته باشد، اين معنا را تصديق مي كند.

آوازه علوم و دانشهاي امام باقر (ع) چنان اقطار اسلامي را پر كرده بود كه لقب «باقرالعلوم» (گشاينده دريچه هاي دانش و شكافنده مشكلات علوم) به خود گرفته بود. «ابن حجر هيثمي» مي نويسد:

«محمد باقر به اندازه اي گنجهاي پنهان معارف و دانشها را آشكار ساخته، حقايق احكام و حكمتها و لطايف دانشها را بيان نموده كه جز بر عناصر بي بصيرت يا بد سيرت پوشيده نيست و از همين جاست كه وي را شكافنده و جامع علوم، و برافرازنده پرچم دانش خوانده اند». «عبدالله بن عطاء كه يكي از شخصيتهاي برجسته و دانشمندان بزرگ عصر امام بود، مي گويد:

«من هرگز دانشمندان اسلام را در هيچ محفل و مجمعي به اندازه محفل محمد بن علي (ع) از نظر علمي حقير و كوچك نديدم. من «حكم بن عتيبه» را كه در علم و فقه مشهور آفاق بود، ديدم كه در خدمت محمد باقر (ع) مانند كودكي در برابر استاد عالي مقام، زانوي ادب بر زمين زده شيفته و مجذوب كلام و شخصيت او گرديده بود».

امام باقر (ع) در سخنان خود، اغلب به آيات قرآن مجيد استناد نموده از كلام خدا شاهد مي آورد و مي فرمود: «هر مطلبي گفتم، از من بپرسيد كه در كجاي قرآن است تا آيه مربوط به آن موضوع را معرفي كنم»

در مكتب امام ابوجعفر باقرالعلوم شاگرداني نمونه و ممتاز پرورش يافتند. «ابان بن تغلب» يكي از پرورش يافتگان مكتب امام باقر (ع) او محضر سه امام - امام زين العابدين، امام محمد باقر و امام جعفر صادق را درك نمود. «ابان» از شخصيتهاي علمي عصر خود بود و در تفسير، حديث، فقه، قرائت و لغت تسلط بسياري داشت. والايي دانش ابان چنان بود كه امام باقر به او فرمود: در مسجد مدينه بنشين و به رأي مردم فتوا بده، زيرا دوست دارم مردم فردي چون تو را در ميان شيعيان ما ببينند.

زراره يكي ديگر از اين شاگردان بنام است. دانشمندان شيعه از ميان شاگردان امام باقر و امام صادق شش تن را فقيه تر مي شمرند كه زراره يكي از آنها است. از امام صادق (ع) نقل است كه فرمود: اگر «بريد بن معاويه»، «ابوبصير»، «محمد بن مسلم» و «زراره» نبودند، آثار پيامبر (معارف شيعه) از ميان مي رفت، آنان بر حلال و حرام خدا امين هستند. باز فرمود: بريد، زراره، محمد بن مسلم و احول در زندگي و مرگ، نزد من محبوب ترين مردمان هستند.

«كميت اسدي» را نيز بايد به اين گروه افزود: شاعري سر آمد بود و زبان گويايش در دفاع از اهل بيت، اشعاري پر مغز مي سرود. اشعارش چنان كوبنده و رسواگر بود كه پيوسته از طرف خلفاي اموي تهديد به مرگ مي شد. «عبدالرحمن حجاج» از امام صادق (ع) نقل كرده كه آن حضرت فرمود: محمد بن منكدر (يكي از دانشمندان اهل سنت) مي گفت: باور نداشتم علي بن الحسين فرزندي به يادگار گذارد كه فضل و دانشش مانند خود او باشد تا اينكه پسرش محمدبن علي را ديدم، پس من خواستم او را موعظه كنم و اندرز دهم، ولي او مرا موعظه كرد، اصحابش به او گفتند: به چه چيز ترا موعظه كرد؟ گفت: من در ساعتي كه هوا بسيار گرم بود به سوي جايي از اطراف مدينه بيرون رفتم، در راه به محمد بن علي برخوردم و او مردي تنومند بود ديدم بر دوش دو غلام خود تكيه زده بود، من با خود گفتم: بزرگي از بزرگان قريش در اين هواي گرم با اين حال براي به دست آوردن مال دنيا بيرون آمده، هم اكنون او را موعظه خواهم كرد.

به همين قصد نزديك او شدم و گفتم خداي كارت را اصلاح كند، بزرگي از بزرگان قريش در اين گرما با اين حال از خانه در طلب دنيا بيرون آمده، اگر مرگ ترا در اين حال دريابد چه خواهي كرد؟ آن حضرت دست از روي دوش آن دو غلام برداشت و روي پا ايستاد و گفت: به خدا قسم اگر مرگ مرا در اين حال دريابد، در حال طاعت و عبادت خداوند از دنيا رفته ام، زيرا در اين گرما كار مي كنم براي آنكه دست خويش به سوي مردم و امثال تو دراز نكنم، بلي من تنها از يك حالت مي ترسم، و آن حالي است كه مرگ مرا دريابد و در حال معصيتي از معاصي خداوند متعال باشم، پس به آن حضرت گفتم: خداي ترا رحمت كند خواستم تو را موعظه كنم، لكن تو مرا پند دادي.