از ديگر علومي كه در دانشگاه امام محمد باقر عليه السلام به سرعت رشد كرد، تفسير قرآن و بيان علوم و معارف قرآني بود و باعث اين رشد فزاينده اولاً خود آن حضرت و در ثاني وجود مشتاقاني بود كه از اطراف عالم جهت رسيدن به معارف ناب اسلامي بار سفر به مدينه بسته و در محضر امام قرار گرفته بودند.

آنان چون با سؤالات و شبهات زيادي روبه رو بودند، همه آنها را به محضر حجت خدا عرضه مي نموده و پاسخ صحيح را دريافت مي كردند.

بدين جهت هنگامي كه ابوزرعه، تفسير امام باقر عليه السلام را درباره ي اهل الذكر شنيد، عرضه داشت: خداي راست گفت! قسم به جانم كه اباجعفر بزرگترين علماء و دانشمندان است. [1] .

و پيش از اين نيز گفته شد كه مفيد در ارشاد در اين خصوص نوشته: وكتبوا عنه تفسير القرآن [2] ؛ به گونه اي كه اگر به كتاب هاي تفسير و يا روايات تفسيريِ به جاي مانده از امام محمد باقر عليه السلام رجوع كنيم، روايات زيادي را در ذيل آيات قرآن مي بينيم كه راويان بزرگي آنها را از امام عليه السلام روايت كرده اند كه بيشتر اين روايات را مي توان در كتاب البرهان سيد هاشم بحراني و تفسير عياشي و نورالثقلين و ديگر تفاسير روايي پيدا كرد؛ كه نام زراره، جابر بن يزيد جعفي، سلام بن المستنير، عطاء، حسن بن محبوب، محمد بن مسلم، صفوان، حريز، عمرو بن قيس، سعد بن ظريف، حمران بن اعين، فضيل، حنان بن سدير، حسين كندي، سعد بن صدقة، ابوحمزه، ابوبصير، سعد اسكاف و محمد بن قيس را مي توان در صدر راويان اين دانش عظيم برشمرد.