پيشواي پنجم طي مدت امامت خود، در همان شرائط نامساعد، به نشر و اشاعه حقايق و معارف الهي پرداخت و مشكلات علمي را تشريح نمود و جنبش علمي دامنه داري به وجود آورد كه مقدمات تاسيس يك «دانشگاه بزرگ اسلامي» را كه در دوران امامت فرزند گراميش «امام صادق ع» به اوج عظمت رسيد، پي ريزي كرد.

امام پنجم در علم، زهد، عظمت و فضيلت سرآمد همه بزرگان بني هاشم بود و مقام بزرگ علمي و اخلاقي او مورد تصديق دوست و دشمن بود. به قدري روايات و احاديث، در زمينه مسائل و احكام اسلامي، تفسير، تاريخ اسلام، و انواع علوم، از ان حضرت به يادگار مانده است كه تا آن روز از هيچ يك از فرزندان امام حسن و امام حسين (ع) به جا نمانده بود.

رجال و شخصيت هاي بزرگ علمي آن روز، و نيز عده اي از ياران پيامبر (ص) كه هنوز درحال حيات بودند، از محضر آن حضرت استفاده مي كردند.

«جابر بن يزيد جعفي» و «كيسان سجستاني» (از تابعين) و فقهائي مانند: «ابن مبارك»، «زهري»، «اوزاعي»، «ابوحنيفه»، «مالك»، «شافعي»، «زياد بن منذرنهدي» از آثار علمي او بهره مند شده سخنان آن حضرت را، بي واسطه و گاه با چند واسطه، نقل نموده اند.

كتب و مولفات دانشمندان و مورخان اهل تسنن مانند: طبري، بلاذري، سلامي، خطيب بغدادي، ابونعيم اصفهاني، و كتبي مانند: موطا مالك، سنن ابي داود، مسند ابي حنيفه، مسند مروزي، تفسير نقاش، تفسير زمخشري، و دهها نظير اينها، كه از مهمترين كتب جهان تسنن است، پر از سخنان پرمغز پيشواي پنجم است و همه جا جمله: «قال محمد بن علي» و يا «قال محمد الباقر» به چشم مي خورد.

كتب شيعه نيز در زمينه هاي مختلف سرشار از سخنان و احاديث حضرت باقر (ع) است و هر كس كوچكترين آشنايي با اين كتابها داشته باشد، اين معنا را تصديق مي كند